حسین شریعتمداری در كیهان نوشت:

"اگرچه تلخ و ناگوار است ولی متاسفانه واقعیت دارد كه مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) نه فقط به تدریج از راه و خط مبارك حضرت امام(ره) فاصله گرفته، بلكه در موارد فراوانی نیز به كانون مقابله با مواضع و نظرات آن بزرگوار تبدیل شده است. با یك بررسی گذرا به آسانی می توان دید زاویه انحراف این مؤسسه از بستر تعریف شده خط امام(ره) و شتاب استحاله آن نگران كننده است و چنانچه جناب حجت الاسلام والمسلمین سیدحسن خمینی كه مدیریت عالی مؤسسه را برعهده دارد هر چه زودتر به یك پالایش جدی و خانه تكانی اساسی در این مركز دست نزنند، آینده پیش روی مؤسسه یاد شده به یقین فاجعه آمیز و پشیمان كننده خواهد بود.

كیهان طی چند سال گذشته، بارها به نمونه های مستندی از بی توجهی نسبت به آموزه های حضرت امام(ره)، رویكرد به افراد بدسابقه و حتی دشمنان تابلودار امام(ره)، سكوت سوال برانگیز و مشكوك در مقابل تحریف آشكار نظرات مكتوب و مضبوط امام راحل(ره) و دهها پلشتی دیگر كه در مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام(ره) صورت پذیرفته و می پذیرد هشدار داده است ولی متاسفانه جز در دو مورد كه مستقیماً موضوع با جناب آقای سیدحسن خمینی در میان گذارده شد كمترین اقدامی از سوی مركز یاد شده برای اصلاح عملكرد خود و انجام وظیفه ای كه قانوناً برعهده دارد، مشاهده نشد.
برخی از این نمونه های انحراف بازتاب گسترده ای در سطح رسانه ها داشت و به اندازه ای آشكار بود كه بعید به نظر می رسید جناب حجت الاسلام والمسلمین سیدحسن خمینی از آنها بی خبر مانده باشد. به عنوان مثال می توان به تحریف آشكار نظرات مكتوب حضرت امام(ره) از سوی آقایان یوسف صانعی، علی اكبر محتشمی پور، مهدی كروبی، محمد خاتمی و... اشاره كرد كه كیهان با چاپ نظر تحریف شده و مقایسه آن با متن صحیفه حضرت امام(ره) به این تحریف ها اعتراض كرد و انتظار می رفت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) كه مقابله با تحریف نظرات امام راحل(ره) وظیفه قانونی آن است و به همین منظور بودجه دریافت می كند، در مقابل این تحریف های غیرقابل توجیه و خطرناك صدایی به انتقاد بلند كرده و موضعی اتخاذ كند، اما، مؤسسه یاد شده نه فقط كمترین اعتراضی نكرد و موضعی نگرفت، بلكه با سكوت سوال برانگیز و مشكوك خود به گونه ای تلویحی با تحریف كنندگان نظرات حضرت امام(ره) همراهی نیز كرد!

دیروز خبر شكایت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) از كیهان همراه با متن كامل شكوائیه روی خروجی خبرگزاری های داخلی و خارجی رفت و با استقبال همراه با ذوق زدگی بسیاری از رسانه های ضد انقلاب روبرو شد. موضوع شكایت، اشاره كیهان به نفوذ برخی از عناصر ناباب در مؤسسه یاد شده و سكوت در برابر تحریف های متعددی است كه اعتراض به آنها وظیفه قانونی این مؤسسه بوده است. كیهان با شواهدی كه در دست دارد، این شكایت را از نوع فرار به جلو تلقی می كند و به برخی از افراد جاخوش كرده در مؤسسه یاد شده و مراكز پیرامونی آن حق می دهیم كه از ما به خاطر دفاع مستند و مستدل از نظرات مبارك حضرت امام(ره) عصبانی باشند، چرا كه فریاد اعتراض كیهان به تحریف نظرات امام(ره)، سكوت مؤسسه یاد شده در مقابل این تحریف ها را زیر سؤال كشیده و صلاحیت برخی از مسئولان این مؤسسه را در افكار عمومی و در میان مردم شریف ایران كه دلباخته امام(ره) هستند با تردید جدی روبرو می كند.

گفتنی است خبر شكایت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) از كیهان، همراه با متن شكوائیه در اختیار رسانه ها قرار گرفته بود و این در حالی است كه اگر دادستانی تهران متن شكوائیه را به رسانه ها داده باشد، اقدامی غیرقانونی مرتكب شده كه بعید است چنین باشد و اما انگیزه مؤسسه یاد شده از ارائه متن شكوائیه به رسانه ها- كه اقدامی غیرقانونی و نامتعارف است- برای ما معلوم است چرا كه مؤسسه تنظیم و نشر در این شكوائیه نعل وارونه زده و به خیال خود با زرنگی- بخوانید ناشیانه- تلاش كرده است شاكی و متهم را جابجا كند! كه ترجمان شگرد نخ نمای «فرار به جلو» است. زیرا مؤسسه مزبور به خوبی می داند همراهی این مؤسسه با تحریف كنندگان نظرات امام(ره)، تقدیر و تمجید از دشمنان تابلودار حضرت امام(ره)، سكوت معنی دار در برابر نسبت های ناروایی كه مدعیان اصلاحات به ساحت مقدس حضرت امام(ره) روا داشته اند و ده ها مورد دیگر، از جمله نمونه های مستند اتهاماتی هستند كه مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) كمترین پاسخی برای آن ندارد. بنابراین در یك اقدام عجولانه- بخوانید كودكانه و ناشیانه- تلاش كرده است، پیشاپیش جای شاكی و متهم را تغییر داده و سیلی از اتهامات ناروا را به كیهان سرازیر كند! و...

و اما... كیهان نه فقط از شكایت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) استقبال می كند، بلكه آن را لطف و موهبت خدای سبحان و دست انتقام حضرت امام(ره) و شهدای بزرگوار انقلاب می داند، زیرا جلسه دادگاه رسیدگی به این شكایت- كه مطابق قانون باید علنی باشد- فرصت مناسبی برای بازخوانی پرونده مؤسسه یاد شده خواهد بود و كیهان با اسناد غیرقابل انكاری كه در این دادگاه ارائه می كند، ضمن پرده برداری از برخی پلشتی های خیانت آمیز نسبت به ساحت مقدس حضرت امام(ره)، به وضوح نشان خواهد داد كه برخی از جاخوش كردگان در مركز یاد شده صلاحیت و لیاقت لازم برای حضور در این مؤسسه را ندارند و از سوی دیگر امیدوار است، جناب حجت الاسلام والمسلمین سیدحسن خمینی نیز جلسات این دادگاه را با دقت دنبال كنند زیرا اطمینان داریم ایشان بعد از مشاهده اسنادی كه كیهان ارائه خواهد كرد، هرگز به ادامه حضور برخی از افراد در مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) رضایت نخواهند داد."